《三妹》结局是三妹决定去北京治病，到了北京后，三妹得到了医院尽心的救治，并出席了全国模范教师颁奖大会，李大庆与三妹两人都放下心扉。

1985年秋，河东希望小学举办新学期开学典礼，报纸记者前来采访何三妹，并将三妹的事迹登上了报纸头条，为凤凰县争光。

县里决定为三妹举办先进表彰大会，领导们表扬了三妹和何长军，何三妹被通知将要去北京参加教师节表彰大会，三妹为自己身为民办教师而光荣，有两位学生考上了清华和北大，三妹看到自己学生有如此的成绩，自己十分光荣。

但三妹在发言时，突然晕倒在现场，被大伙送往医院，由于地方医院医资力量差，医生未能查出病因，医生建议将三妹送往上一级医院继续检查。

得知三妹生病，大家纷纷前来医院看她，三妹醒来决定要去北京。

李大庆与三妹一起回忆这些年两人的过往，两人都放下心扉，李大庆吹起了口琴，何三妹唱起了歌。

何三妹去北京之前来到了学校，回想起自己这些年教学的每一件事。

到北京治病后，三妹得到了医院尽心的救治，并出席了全国模范教师颁奖大会。