同源异型基因是生物体中一类专门调控生物形体的基因，一但这些基因发生突变，就会使身体的一部分变形。

同源异型基因属于同源框家族的其中一员，在大多数同源异型基因中，会含有一段约180个核苷酸的同源异型盒，可以转录出含有约60个氨基酸序列，称为同源异形域。

同源异型基因的特色之一，是其排列顺序与其作用顺序、作用位置相关。

同源异型盒基因广泛存在于真核生物中，其结构中含有一个高度保守的同源异型盒，编码一类转录调控因子；同源异型盒蛋白，并通过同源异型盒蛋白在生物的个体发育和细胞分化中起调控作用，同源异型盒基因与同源异型基因具有明显的差异。